Real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) và Reverse Dot Blot (RBD) là hai kỹ thuật sinh học phân tử khác nhau được sử dụng để phát hiện và định lượng số lượng các chuỗi DNA hoặc RNA cụ thể. Cả hai kỹ thuật đều có những ưu điểm, hạn chế riêng và được sử dụng trong các ứng dụng khác nhau. Dưới đây là tổng quan về một số thông tin cơ bản về hai kỹ thuật này (nguyên lý hoạt động, phát hiện tác nhân, ưu điểm và hạn chế):
Nội Dung
Kỹ thuật Real-time PCR
Nguyên lý hoạt động
Real-time PCR là một phương pháp nhân bản DNA cho phép định lượng DNA mục tiêu trong thời gian thực sử dụng các probe huỳnh quang.
Phát hiện tác nhân
Tín hiệu huỳnh quang phát ra trong quá trình phản ứng tương đương với số lượng DNA mục tiêu được nhân bản, và chỉ số này được sử dụng để tính số lượng ban đầu của DNA mục tiêu trong mẫu.
Ưu điểm và hạn chế
- Ưu điểm: Phương pháp Real-time PCR có thời gian thực hiện nhanh, độ nhạy & đặc hiệu cao, và có thể phát hiện số lượng nhỏ của DNA mục tiêu. Real-time PCR cũng có thể sử dụng phát hiện đa tác nhân trong một phản ứng.
- Hạn chế: Real-time PCR yêu cầu số lượng ban đầu của DNA mục tiêu và thường có giá thành xét nghiệm cao hơn kỹ thuật Reverse Dot Blot (RDB).
Kỹ thuật Reverse Dot Blot
Nguyên lý hoạt động
Kỹ thuật lai điểm ngược Reverse Dot Blot là một phương pháp dựa trên lai hoá sử dụng một lớp nitrocellulose hoặc nylon để cố định DNA hoặc RNA mục tiêu, sau đó tiến hành lai hoá với một probe được đánh dấu.
Phát hiện tác nhân
Tín hiệu lai hoá được phát hiện bằng thiết bị đọc phóng xạ tự chụp (autoradiography) hoặc hóa phát quang (chemiluminescence).
Ưu điểm và hạn chế
- Ưu điểm: Kỹ thuật lai điểm ngược Reverse Dot Blot là một phương pháp tương đối rẻ và dễ thực hiện, có thể được sử dụng để phát hiện và xác định số lượng lớn các chuỗi mục tiêu cùng một lúc.
- Hạn chế: Kỹ thuật này có độ nhạy thấp hơn so với Real-time PCR và có thể không phát hiện được tất cả các trình tự mục tiêu nếu có tương đồng cao giữa các mục tiêu và probe.
Tóm lại, lựa chọn giữa Real-time PCR và lai điểm ngược Reverse Dot Blot sẽ phụ thuộc vào nhu cầu cụ thể của nghiên cứu, xét nghiệm chẩn đoán tại phòng lab, chẳng hạn như độ nhạy, độ đặc hiệu, chi phí và lượng DNA mục tiêu ban đầu.
Nguồn tham khảo
- Jaipaew et al.(2018) PCR – reverse dot blot of the nucleotide signature sequences of matK for the identification of Mitragyna speciosa, a narcotic species, Plant Gene 14.
- Overview: Real-time Polymerase Chain Reaction, Microbiology and Molecular Diagnosis in Pathology, 2017